Ernani Pinto é farmacêutico (FCF-USP/1997) e concluiu o doutorado em bioquímica, pelo Instituto de Química-SP, Universidade de São Paulo, em 2002.

Atualmente é professor associado (livre docente) da FCF-USP.

Atua na área de toxicologia ambiental aquática, microrganismos aquáticos, cianobactérias, metabolômica e proteômica, com ênfase em análises de cianotoxinas, peptídeos, produtos naturais de cianobactérias por técnicas cromatográficas, espectrométricas e espectroscópicas.